「記事管理」＞「スレッド・レス管理」のレス管理において「透明削除」チェック欄にチェックを入れ、対象とするレスを削除して下さい。

また、管理画面の「設定」＞「基本設定」＞「名前/ID」に「削除投稿の名前」という項目があります。
こちらを空欄にすることでも削除された投稿が見えなくなります。ただし、番号は飛んでしまいます。